Μεταξύ των σκοπών του ΕΟΑΕΝ, όπως αυτοί προβλέπονται από το καταστατικό του είναι:

– Η ενεργοποίηση των νησιωτικών Επιμελητηρίων της χώρας ώστε να προχωρήσουν από κοινού σε ενέργειες, οι οποίες θα θέσουν σε εθνικό και ευρωπαϊκό πλαίσιο τον προβληματισμό των νησιών και τη σημαντική πραγματική απόκλιση τους από την υπόλοιπο ηπειρωτικό ευρωπαϊκό χώρο και που θα οδηγήσουν σε πολιτική και μέτρα για μια ολοκληρωμένη οικονομική και κοινωνική συνοχή.

– Η συνεργασία με τις τοπικές, περιφερειακές και εθνικές αρχές και τα θεσμικά όργανα της Ε.Ε., για την ανάπτυξη των νησιών.

– Η καταγραφή και μελέτη των ιδιαίτερων προβλημάτων, των τυχόν εγγενών μειονεξιών, που αντιμετωπίζουν τα νησιά και εμποδίζουν την οικονομική, κοινωνική και πολιτιστική τους ανάπτυξη.

– Η επιδίωξη τρόπων επίλυσης-αντιμετώπισης των προβλημάτων των νησιών.

– Η οργάνωση νησιωτικών δικτύων συνεργασίας, μεταφοράς τεχνογνωσίας, τηλεματικής διασύνδεσης και συμμετοχής των νησιωτικών επιμελητηρίων, είτε ομαδικώς είτε μεμονωμένα σε κοινοτικά προγράμματα ή πρωτοβουλίες.