α) Σε εθνικό επίπεδο
Ο ΕΟΑΕΝ βρίσκεται σε συνεχή επαφή με τους αρμόδιους κρατικούς φορείς σε θέματα όπως: η αειφόρος ανάπτυξη, το εμπόριο, οι μεταφορές, οι επικοινωνίες, ο τουρισμός, κ.λ.π.
Ενημερώνει τακτικά τα Υπουργεία Ανάπτυξης, Αιγαίου και Νησιωτικής Πολιτικής, Εξωτερικών, Εθνικής Οικονομίας και τα ελληνικά πολιτικά κόμματα, για τα πορίσματα των μελετών του αναφορικά με τα προβλήματα που αντιμετωπίζουν οι νησιωτικές περιοχές.

Στις 31/1/2004 η Γενική Συνέλευση του ΕΟΑΕΝ ομόφωνα υιοθέτησε τη «ΔΙΑΚΗΡΥΞΗ ΤΗΣ ΧΙΟΥ» στην οποία αποτυπώνονται τα προβλήματα που αντιμετωπίζουν οι νησιωτικές περιοχές και προτείνονται πολιτικές, δράσεις και μέτρα για την αντιμετώπισή τους.

β) Σχέσεις του ΕΟΑΕΝ με τα θεσμικά όργανα της Ε.Ε.
Ο ΕΟΑΕΝ, μέσω του Αντιπροσωπευτικού Γραφείου των ελληνικών Επιμελητηρίων στην Ε.Ε, έχει τακτική συνεργασία με την ΧΧΙ Γενική Διεύθυνση «Περιφερειακή Πολιτική και Συνοχή» και την ΧΧΙΙΙ Γενική Διεύθυνση «Πολιτική Επιχειρήσεων, Εμπόριο, Τουρισμός και Κοινωνική Οικονομία» της Ε.Ε., ενώ συμμετείχε στο πρόγραμμα REACTE και στην Ομάδα Εργασίας «Εμπόριο και Νησιά».
Συνεργάζεται στενά με την Επιτροπή Περιφερειακής Πολιτικής του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου, τη Διακοινοβουλευτική Επιτροπή Νησιών, τους Έλληνες Ευρωβουλευτές και την Επιτροπή των Νησιών της Διάσκεψης των Περιφερειακών και Παράκτιων Περιοχών της Ευρώπης CRPM.
Είναι μέλος της Μεσογειακής Επιτροπής Αειφόρου Ανάπτυξης-CMDD, καθώς επίσης και της ASCAME, Συνέλευση των Επιμελητηρίων της Μεσογείου.

γ) Σχέσεις με τα νησιωτικά Επιμελητήρια της Ε.Ε.
Ο ΕΟΑΕΝ, προκειμένου να εδραιώσει την παρουσία του στον ευρωπαϊκό χώρο άρχισε από την ίδρυσή του μια προσπάθεια ενημέρωσης και ευαισθητοποίησης των Επιμελητηρίων των νησιωτικών περιοχών της Ε.Ε.
Πρώτη προσπάθεια ήταν η οργάνωση του 1ου Επιμελητηριακού Συνεδρίου των Νησιωτικών Περιοχών της Ε.Ε. στη Χίο, το Νοέμβριο του 1994, με θέμα «Οικονομική και Κοινωνική Συνοχή των νησιωτικών περιοχών της Ε.Ε.
Στη συνέχεια συμμετείχε ενεργά στην οργάνωση του 2ου Επιμελητηριακού Συνεδρίου που έγινε στην Palma de Μallorca της Ισπανίας, τον Οκτώβριο του 1995, με θέμα «Στρατηγική για την αειφόρο ανάπτυξη των νησιών της Ε.Ε.», στο 3ο Επιμελητηριακό Συνέδριο που έγινε στο Παλέρμο της Σικελίας, με θέμα «Το Δίκτυο των Ευρωπαϊκών Νησιών-Σχέδια και εταιρική σχέση για μια ενδογενή ανάπτυξη» και στο 4ο Επιμελητηριακό Συνέδριο, που έγινε στην Γουαδελούπη το Νοέμβριο του 1999, με θέμα «Τα νησιά της Ε.Ε. μετά τη Συνθήκη του Άμστερνταμ».

Στο παραπάνω συνέδριο αποφασίστηκε η ίδρυση ενός νέου Επιμελητηριακού νησιωτικού φορέα σκέψης και δράσης με την επωνυμία «Δίκτυο Νησιωτικών Επιμελητηρίων Ευρωπαϊκής Ένωσης».

Το Δίκτυο, η νέα αυτή αστική μη κερδοσκοπική εταιρεία έχει έδρα τη Χίο, η Εκτελεστική της Γραμματεία στεγάζεται στα γραφεία του ΕΟΑΕΝ στη Χίο και μέλη της είναι 33 νησιωτικά Επιμελητήρια από την Ελλάδα, την Ιταλία, τη Γαλλία, την Ισπανία και το Ηνωμένο Βασίλειο. Επίσης έχει 4 συνδεδεμένα μέλη: 3 από την Κύπρο και 1 από την Μάλτα, ενώ συνεχώς διευρύνεται.

Το Δίκτυο με τη βοήθεια και την υποστήριξη του ΕΟΑΕΝ έχει αναλάβει αρκετές πρωτοβουλίες σε ευρωπαϊκό επίπεδο με στόχο την προβολή των νησιωτικών προβληματισμών.
Μεταξύ των άλλων έχουν διοργανώσει τέσσερα Forum: το πρώτο στη Ρόδο, τον Οκτώβριο του 2000, με θέμα «Η αειφόρος ανάπτυξη των νησιωτικών ΜΜΕ έναντι στην παγκοσμιοποίηση, το δεύτερο στη La Palma των Καναρίων Νήσων, το Νοέμβριο του 2001, με θέμα «Τα προβλήματα και οι προοπτικές του τουρισμού στα ευρωπαϊκά νησιά», το τρίτο στο Κάλιαρι της Σαρδηνίας, τον Νοέμβριο του 2002, με θέμα Οι ΜΜΕ και τα νησιωτικά μειονεκτήματα, η δράση των Επιμελητηρίων στα πλαίσια της ΕΕ» και το τέταρτο στην Κορσική της Γαλλίας, το Νοέμβριο του 2003, με θέμα «Επιχείρηση, νησιωτικότητα και ανταγωνισμός».

Επισυνάπτεται η Διακήρυξη της La Palma, που αναφέρεται στην πορεία και την ανάπτυξη του τουρισμού στα ευρωπαϊκά νησιά.

Η συμπερίληψη ειδικών διατάξεων στη Συνθήκη του Άμστερνταμ υπέρ των νησιών της Ε.Ε., η αναφορά του όρου «νησιωτικότητα» στο υπό ψήφιση σχέδιο του νέου Ευρωπαϊκού Συντάγματος, αλλά και η κατοχύρωση της «νησιωτικότητας» στην τελευταία αναθεώρηση του Συντάγματος της χώρας μας, μπορούν να θεωρηθούν αποτέλεσμα της πίεσης που ασκούν τόσο ο ΕΟΑΕΝ όσο και το Δίκτυο στις εθνικές αρχές των Κρατών μελών, αλλά και στα θεσμικά όργανα της Ε.Ε.